Осуществляет экстренную и плановую хирургическую помощь животным. Операционный блок располагает современной материально-технической базой для проведения ортопедических и реконструктивных операций, нейрохирургии, эндоскопии, торакальной и абдоминальной хирургии, а также ингаляционного наркоза, интраоперационного мониторинга и реанимации. Отделение располагает двумя операционными комплексом предоперационных, в которых каждый день проводится до 15 хирургических операции различной сложности.